亞細胞定位的重要性:
確定蛋白質功能:蛋白質的功能與其所處的亞細胞位置密切相關。例如,位于細胞核中的蛋白質可能參與基因調控,熒光定量,而在細胞質中的蛋白質可能參與代謝過程。通過確定蛋白質的亞細胞定位,可以為其功能研究提供重要線索。
揭示分子交互機理:不同亞細胞位置的蛋白質之間可能存在相互作用,這些相互作用對于細胞的正常生理功能至關重要。了解蛋白質的亞細胞定位有助于揭示這些分子交互機理。
為什么有的共定位圖片中葉綠體通道是玫紅色?
在擬南芥、、玉米、大麥、小麥等材料中,種植培養(yǎng)苗子時是正常接受光照的,葉片中含有大量葉綠體,而葉綠素在640nm左右的激發(fā)光下可產(chǎn)生紅色的自發(fā)熒光。當在這些含葉綠體較多的受體材料中做共定位實驗時,共定位marker一般為紅色熒光(在560nm左右的激發(fā)光下),實驗及共聚焦拍攝時兩個波長通道的熒光互不影響,但視野下看著比較混淆,尤其疊加后二者不易分清,因此只是在顏色顯示上將葉綠體自發(fā)熒光設置為玫紅色,以顯示和共定位marker的區(qū)別。
標準分類器在蛋白質亞細胞定位中的評估:Debasish Mohapatra 等人對三種標準分類器(Classification And Regression Tree,CART;K-Nearest Neighbor,KNN;Support Vector Machine,SVM)在蛋白質亞細胞定位預測中的性能進行了比較。實驗結果表明,SVM 在準確性和宏觀平均精度方面表現(xiàn)較好,而 CART 在宏觀平均召回率和宏觀 F1 分數(shù)方面表現(xiàn)較好。
基于 AdaBoost Learner 的蛋白質亞細胞定位預測:Yu-Huan Jin 等人介紹了一種基于 AdaBoost Learner 的蛋白質亞細胞定位預測方法。該方法利用蛋白質的氨基酸組成進行預測,通過 Jackknife 交叉驗證和獨立數(shù)據(jù)集測試表明,AdaBoost 是一種穩(wěn)健有效的模型,預測準確率高于其他現(xiàn)有預測器。
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